Cuando se visita la cripta es posible dimensionar lo que se proyectaba para el templo de arriba. Esta capilla subterránea responde al estilo clásico, sus columnas son cilíndricas y siguen el estilo de las grandes basílicas. Por el agua subterránea nunca pudo funcionar. Durante años estuvo inundada, y cuentan que la usaban como pileta de natación. Tiene las mismas dimensiones que el nuevo templo y se accede a ella por una puerta ubicada cerca del altar principal. Se pensaba celebrar allí misas de difuntos y otras liturgias.
Para llegar hay que descender por unas escaleras circulares. Lo primero que llama la atención de esa mole subterránea es el silencio y la enormidad. Es oscura, fría y húmeda. Se escuchan las napas de las que sigue saliendo el agua, pero esta corre ahora por unos canales laterales y ya no anega la cripta. Desde 2008 este lugar fue destinado a actividades artísticas. Integró parte del circuito de la "Noche de los museos". Ahora funciona como un espacio de arte independiente, que está coordinado por Bruno Juliano, Paula Scarso y Gustavo Nieto. El objetivo es que forme parte de un espacio de investigación de arte contemporáneo. El entorno lo hace perfecto, una conjugación de arte, historia y religión.